לאחר זיהוי תהליך החשוד כסרטן השלפוחית, המטופל יופנה לניתוח הקרוי TURBT – Trans urethral resection of bladder tumor לשם כריתת הגידול וקביעת מאפייניו הפתולוגיים תחת המיקרוסקופ. בדומה לבדיקת הציסטוסקופיה, מתבצע הניתוח דרך פתח השופכה אולם תחת הרדמה כללית או אזורית (חצי גוף). קטטר המושאר בניתוח יוצא לאחר מספר ימים. הפתולוג שיבדוק את התכשיר  מהניתוח יספק נתונים חשובים לגבי סוג הגידול, עומק חדירת הגידול לדופן שלפוחית השתן (שלב המחלה) ורמת האגרסיביות של תאי הגידול – על פי המראה שלהם תחת המיקרוסקופ  (דרגת המחלה).  על סמך נתונים אלו ייקבע הצורך בטיפולים נוספים ופרוטוקול המעקב .

דופן שלפוחית השתן בנויה מספר שכבות ובניהם שריר שלפוחית השתן, המאפשר את התכווצותה. לפי עומק החדירה לדופן מחלקים את גידולי השלפוחית לאלו עברו כמה שכבות וחדרו אל השריר ואלו שלא חדרו לשריר השלפוחית.

גידולים שאינם חודרים לשריר השלפוחית מהווים את מרבית הגידולים המאובחנים. הטיפול בהם כולל ניתוח TURBT, אשר הוזכר קודם, עם אפשרות להוספת סדרת שטיפות לשלפוחית השתן. מטרת השטיפות היא הורדת הסיכון לחזרת הגידולים או התקדמות המחלה. השטיפות מתבצעות על ידי החדרת קטטר, הזרקת החומר לשלפוחית וריקונה לאחר כשעתיים. תופעות הלוואי העיקריות של השטיפות הם צריבה, תכיפות ודחיפות בהשתנה. היבט חשוב מאוד של הטיפול בסרטן שלפוחית שאינו חודר שריר הוא המעקב בבדיקות ציסטוסקופיה.   

כאשר הגידול שאובחן חודר אל תוך שריר השלפוחית הטיפול המומלץ הוא כריתת שלפוחית השתן ויצירת מעקף שיאפשר פינוי השתן אל מחוץ לגוף.  מדובר בניתוח הנמשך מספר שעות וכולל גם את הסרת הערמונית בגברים והסרת הרחם, צוואר הרחם, השחלות וחלק מהדופן הקדמי של הנרתיק בנשים. פרט לכך מוסרות בלוטות הלימפה שבאגן. אצל חלק מהמטופלים ניתוח כריתת השלפוחית יבוצע לאחר טיפול בכימותרפיה לוריד. הסיבה לכריתה הנרחבת היא שחדירת הגידול לתוך השריר מלמדת על תוקפנות המחלה וקיימת אפשרות שהגידול התפשט לאיברים נוספים באגן. בחלקו השני של הניתוח מחברים את הצינורות המובילים שתן מהכליות (השופכנים) אל מבנה שיאפשר ניקוז השתן אל מחוץ לגוף. הפתרון הנפוץ ביותר הוא יצירת "מוביל מעי" –אורוסטומיה – ממקטע מעי קצר אשר נפתח לדופן הבטן ואליו מצמידים שקית שיש לרוקן מספר פעמים ביום. השתן זורם מהשופכנים אל מוביל המעי ודרך הפתח שלו אל השקית הצמודה לדופן הבטן. האשפוז לאחר הניתוח אורך כעשרה ימים ובמהלכו יוצאו הנקזים ויחל תהליך ההסתגלות למצב החדש בליווי הצוות המקצועי.

הניתוח הוא הטיפול שנותן את הסיכוי הגבוה ביותר להחלמה מהמחלה. אולם, בקבוצת מטופלים עם מאפייני מחלה מאוד מסויימים ניתן להשיג תוצאות קרובות לתוצאות האנוקולוגיות של הניתוח על ידי טיפול משולב של כריתה מקסימלית של הגידול ב TURBT , כימותרפיה וקרינה. 

לסיכום: אבחון מוקדם של סרטן השלפוחית חשוב להצלחת הטיפול ועל כן הופעת דם בשתן מצריכה בירור מלא ללא דיחוי. הטיפול בגידולים שאינם חודרי שריר הוא בכריתה אנדוסקופית ושטיפות לשלפוחית השתן. חדירה לשריר מחייבת טיפול נרחב יותר הכולל הסרת השלפוחית ולעיתים טיפול כימותרפי לוריד. אופייה החוזרני של המחלה מחייב מעקב צמוד גם לאחר הטיפול.